2023年

学術論文誌

• Hata, J., Nakae, K., Tsukada, H., Woodward, A., Haga, Y., Iida, M., Uematsu, A., Seki, F., Ichinohe, N., Gong, R., Kaneko, T., Yoshimaru, D., Watakabe, A., Abe, H., Tani, T., Hamada, T., Gutierrez, C. E., Skibbe, H., Maeda, M., Papazian, F., Hagiya, K., Kishi, N., Ishii, S., Doya, K., Shimogori, T., Yamamori, T., Okano, H. J., & Okano, H. (2023)
  Multi-modal brain magnetic resonance imaging database covering marmosets with a wide age range. Scientific Data, 10(1), 211, https://doi.org/10.1038/s41597-023-02121-2
• Callan, D. E., Fukada, T., Dehais, F., & Ishii, S. (2023)
  The role of brain localized gamma and alpha oscillations in inattentional deafness: implications for understanding human attention. Frontiers in Human Neuroscience, section Cognitive Neuroscience, 17, https://doi.org/10.3389/fn-hum.2023.1168108
• Watakabe, A., Skibbe, H., Nakae, K., Abe, H., Ichinohe, N., Rachmadi, F. M., Wang, J., Takaji, M., Mizukami, H., Woodward, A., Gong, R., Hata, J., Okano, H., Ishii, S., & Yamamori, T. (2023).
  Local and long-distance organization of prefrontal cortex circuits in the marmoset brain. Neuron, 111, 1-16.
• Skibbe, H., Rachmadi, M. F., Nakae, K., Gutierrez, C. E., Hata, J., Tsukada, H., Poon, C., Doya, K., Majka, P., Rosa, M. G., Okano, H., Yamamori, T., Ishii, S., Reisert, M., & Watakabe, A. (2023).
  The Brain/MINDS marmoset connectivityresource: an open access platform for cellular-level tracing and tractography in the primate brain. PLoS Biology, 21(6), e3002158
• Ohashi, K., Nakanishi, K., Yasui, Y., & Ishii, S. (2023)
  Deep adversarial reinforcement learning to make policy robust against worst-case value prediction. IEEE Access, 11, 100798-100809.
• Mitsuhashi, S., & Ishii, S. (2023)
  Triangle inequality for inverse optimal control. IEEE Access, 11, 119187-119199.
• Shomali, SR., Ahmadabadi, MN., Rasuli, SN., & Shimazaki, H. (2023)
  Uncovering hidden network architecture from spiking activities using an exact statistical input-output relation of neurons.
  Communications Biology, 6: 169 s42003-023-04511-z
• Higashi, H. (2023)
  Dimension-wise Sequential Update for Learning a Multidimensional Environment in Human.
  Journal of Cognitive Neuroscience, 10.1162/jocn_a_01975

2022年

学術論文誌

• Lee, S., Kume, H., Urakubo, H., Kasai, H., & Ishii, S. (2022)
  Tri-view two-photon microscopic image registration and deblurring with convolutional neural networks.
  Neural Networks, 152: 57-69
• Katayama, R., Yoshida, Y., & Ishii, S. (2022)
  Confidence modulates the decodability of scene prediction during partially-observable maze exploration in humans.
  Communications Biology, 5: 367
• Yamaguchi, K., Maeda, Y., Sawada, T., Iino, Y., Tajiri, M., Nakazato, R., Tajiri, M., Nakazato, R., Ishii, S., Kasai, H., & Yagishita, S. (2022)
  A behavioural correlate of the synaptic eligibility trace in the nucleus accumbens.
  Scientific Reports, 12: 1921
• Hwang, J., Park, G., Kwon, T. & Ishii, S. (2022)
  Transition Motion Synthesis for Object Interaction based on Learning Transition Strategies. Computer Graphics Forum.
  https://doi.org/10.1111/cgf.14499
• Nakauchi, S., Kondo, T., Kinzuka, Y., Taniyama, Y., Tamura, H., Higashi, H., Hine, K., Minami, T., Linhares, J. M. M., & Naschimento, S. M. C. (2022)
  Universality and superiority in preference for chromatic composition of art paintings.
  Scientific Reports, 12: 4294
• Shinomoto, S., Tsubo, Y., & Marunaka Y. (2022)
  Detection and categorization of severe cardiac disorders based solely on heart period measurements.
  Scientific Reports, 12: 17019

国際会議

• Parmas, P., & Seno, T. (2022)
  Proppo: a Message Passing Framework for Customizable and Composable Learning Algorithms.
  Advances in Neural Information Processing Systems (NeurIPS). New Orleans, USA.

2021年

学術論文誌

• Urakubo, H.,Yagishita, S., Kasai, H., Kubota, Y., & Ishii, S. (2021)
  The critical balance between dopamine D2 receptor and RGS for the sensitive detection of a transient decay in dopamine signal.
  PLOS Computational Biology.17(9): e1009364. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009364
• Kubo, A., Meshgi, K., & Ishii, S. (2021)
  A meta-Q-learning approach to discriminative correlation filter based visual tracking.
  Journal of Intelligence and Robotic Systems, 101(1), 1-11.
• Liang, Z., Zhou, R., Zhang, L., Li, L., Huang, G., Zhang, Z., & Ishii, S. (2021)
  EEGFuseNet: hybrid unsupervised deep feature characterization and fusion for high-dimensional EEG with an application to emotion recognition
  IEEE Transactions on Neural Systems and Rehabilitation Engineering, 29, 1913-1925, https://doi.org/10.1109/TNSRE.2021.3111689
• Ohashi, K., Nakanishi, K., Sasaki, W., Yasui, Y., & Ishii, S. (2021)
  Deep adversarial reinforcement learning with noise compensation by auto-encoder
  IEEE Access, 9:143901-143912 https://doi.org/10.1109/access.2021.3121751
• Kita, Y., Nishibe, H.,Wang, Y.,Hashikawa, T., Kikuchi, S., Mami, U., Yoshida, A., Yoshida, C.,Kawase, T., Ishii, S., Skibbe, H., & Shimogori, T., (2021)
  Cellular-resolution gene expression profiling in the neonatal marmoset brain reveals dynamic species- and region-specific differences.
  Proceedings of the National Academy of the USA, 118(18):e2020125118 https://doi.org/10.1073/pnas.2020125118
• Bonci, A., Fiori, S., Higashi, H., Tanaka, T., & Verdini, F. (2021)
  An introductory tutorial on brain–computer interfaces and their applications.
  Electronics, 10(560).
• Endo, D., Kobayashi, R., Bartolo, R., Averbeck, B.B., Sugase-Miyamoto, Y., Hayashi, K., Kawano, K., Richmond, B.J. & Shinomoto, S. (2021)
  A convolutional neural network for estimating synaptic connectivity from spike trains.
  Scientific Reports, 11(1), pp.1-18.
• Koyama, S., Horie, T. & Shinomoto, S. (2021)
  Estimating the time-varying reproduction number of COVID-19 with a state-space method.
  PLoS Computational Biology, 17(1): e1008679.

国際会議

• Parmas, P., and Sugiyama, M. (2021)
  A unified view of likelihood ratio and reparameterization gradients.
  International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS), pp. 4078-4086, Virtual Conference.

2020年

学術論文誌

• Hwang J., Ishii, S., Kwon, T., & Oba, S. (2020)
  Modularized predictive codingbased online motion sysnthesis combining environmental constraints and motion data.
  IEEE Access, 8, 10.1109/ACCESS.2020.3036449
• Urakubo, H., Yagishita, S., Kasai, H., & Ishii, S. (2020)
  Signaling models for dopamine-dependent temporal contiguity in striatal synaptic plasticity.
  PLoS Computational Biology, 16(7): e1008078, https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008078
• Ishii, S., Lee, S., Urakubo, H., Kume, H., & Kasai, H. (2020)
  Generative and discriminative model-based approaches to microscopic image restoration and segmentation.
  Microscopy, 69(2): 79-91, https://doi.org/10.1093/jmicro/dfaa007.
• Liang, Z., Li, F., Hu, W., Huang, G., Oba, S., Zhang, Z., & Ishii, S. (2020)
  A generalized encoding system of alpha oscillations through visual saliency analysis.
  IEEE Transactions on Neural Systems and Rehabilitation Engineering, 28(12): 2731-2743
• Gutierrez, C. E., Skibbe, H., Nakae, K., Tsukada, H., Lienard, J., Watakabe, A., Hata, J., Reisert, M., Woodward A., Yamaguchi, Y., Yamamori, T., Okano, H., Ishii, S. & Doya, K. (2020)
  Optimization and validation of diffusion MRIbased fiber tracking with neural tracer data.
  Scientific Reports, 10, 21285, https://doi.org/10.1038/s41598-020-78284-4
• Parajuli, L. K., Urakubo, H., Takahashi-Nakazato, A., Ogelman, R., Iwasaki, H., Koike, M., Kwon, H. B., Ishii, S., Oh, W. C., Fukazawa, Y., & Okabe, S. (2020)
  Geometry and the organization principle of spine synapses along a dendrite.
  eNeuro, 0248-20, https://doi.org/10.1523/ENEURO.0248-20.2020
• Fujita, Y., Yagishita, S., Kasai, H., Ishii, S. (2020)
  Computational characteristics of the striatal dopamine system described by reinforcement learning with fast generalization.
  Frontiers in Computational Neuroscience. https://doi.org/10.1101/2019.12.12.873950
• Woodward, A., Gong, R., Abe, H., Nakae, K., Hata, J., Skibbe, H., Yamaguchi, Y., Ishii, S., Okano, H., Yamamori, T., & Ichinohe, N. (2020)
  The NanoZoomer artificial intelligence connectomics pipeline for tracer injection studies of the marmoset brain.
  Brain Structure and Function, 225, 1225-1243, https://doi.org/10.1007/s00429-020-02073-y
• Iino, Y., Sawada, T., Yamaguchi, K., Tajiri, M., Ishii, S., Kasai, H., & Yagishita, S. (2020)
  Dopamine D2 receptors in discrimination learning and spine enlargement.
  Nature, 579: 555-560, doi: 10.1038/s41586-020-2115-1
• Lee, S., Negishi, M., Urakubo, H., Kasai, H., & Ishii, S. (2020)
  Mu-net: multi-scale U-net for two-photon microscopy image denoising and restoration.
  Neural Networks, 125: 92-103, doi: 10.1016/j.neunet.2020.01.026
• Nishimoto, T., Higashi, H., Morioka, H., & Ishii, S. (2020)
  An EEG-based personal identification method using unsupervised feature extraction and its robustness against intra-subject variability.
  Journal of Neural Engineering, 17(2): 026007.
• Nakakoga, S., Higashi, H., Muramatsu, J., Nakauchi, S., & Minami, T. (2020)
  Asymmetrical characteristics of emotional responses to pictures and sounds: Evidence from pupillometry.
  PLOS ONE, 15: e0230775..
• Higashi, H., Bui, M.V., Syahir, A., Nakauchi, S. (2020)
  Computational lighting for extracting optical features from RGB images.
  Measurement, 151:107183 doi: 10.1016/j.measurement.2019.107183

国内会議

• 清水智史、石井信、吉田和子 (2020)
  経験と観察に基づく価値統合に関する行動実験とその解析.
  電子情報通信学会　ニューロコンピューティング研究会（NC）2020.1.23
• 山口陽太郎、小山田創哲、中江健、石井信 (2020)
  コントラクトブリッジにおけるエージェント間コミュニケーション戦略の強化学習.
  電子情報通信学会　非線形問題研究会（NLP）2020.1.25

講演

• 浦久保秀俊
  シナプス可塑性のシグナル伝達からEMコネクトミクスへ：拡大するコンピュテーションの役割
  自然科学研究機構・生理学研究所・部門公開セミナー, 2020.1.10

2019年

学術論文誌

• Skibbe, H., Reisert, M., Nakae, K., Watakabe, A., Hata, J., Okano, H., Yamamori, T., & Ishii, S.(2019)
  PAT: Probabilistic axon tracking for densely labeled neurons in large 3D micrographs.
  IEEE Transactions on Medical Imaging, 38(1):69-78. doi: 10.1109/TMI.2018.2855736.
• Ito, R., Nakae, K., Hata, J., Okano, H., & Ishii, S. (2019)
  Semi-Supervised Deep Learning of Brain Tissue Segmentation.
  Neural Networks, 116: 25-34
• Liang, Z., Oba, S., & Ishii, S. (2019)
  An unsupervised EEG decoding system for human emotion recognition.
  Neural Networks, 116: 257-268
• Ohnishi, S., Uchibe, E., Yamaguchi, Y., Nakanishi, K., Yasui, Y., & Ishii, S. (2019)
  Constrained Deep Q-Learning Gradually Approaching Ordinary Q-Learning.
  Frontiers in Neurorobotics, 13: 103 https://doi.org/10.3389/fnbot.2019.00103
• Urakubo, H., Bullmann, T., Kubota, Y., Oba, S., & Ishii, S. (2019)
  UNI-EM: An Environment for Deep Neural Network-Based Automated Segmentation of Neuronal Electron Microscopic Images.
  Scientific Reports, 9(1):19413 https://doi.org/10.1038/s41598-019-55431-0
• Yoon, Y., Park, J., Taniguchi, A., Kohsaka, H., Nakae, K., Nonaka, S., Ishii, S., & Nose, A. (2019)
  System level analyses of motor-related neural activities in larval Drosophila.
  Journal of Neurogenetics, 33(3), 179-189, doi: 10.1080/01677063.2019.1605365.
• Higashi, H., Minami, T., Nakauchi, S. (2019)
  Cooperative update of beliefs and state-transition functions in human reinforcement learning.
  Scientific Reports, 9:17794 doi: 10.1038/s41598-019-53600-9
• Nakae K. (2019)
  Statistical Estimation of Phase Response Curves Using Data Transformation.
  Journal of the Physical Society of Japan, 88.8: 084003 doi: 10.7566/JPSJ.88.084003

国際会議

• Nakae, K., Hata. J., Skibbe, H., Alexander, W., Carlos, G.E., Tsukada, H., Gong, R., Okano, H., & Ishii, S. (2019)
  Macro-scale connectome by diffusion MRI of exvivo marmoset brain with a pipeline of global fiber reconstruction.
  ISBM 2019, Tokyo, 2019.1.29
• Katayama, R., Ishii, S., and Yoshida, W. (2019)
  Decoding scene prediction and its confidence during maze exploration.
  Joint Meeting of International Brain Research Organization (IBRO2019), Daegu, Korea, 2019.9.22
• Liang, Z., Higashi, H., Oba, S., & Ishii, S. (2019)
  Brain dynamics encoding from visual input during free viewing of natural videos.
  The 2019 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN2019), Budapest, Hungary, 2019/7/14
• Hwang, J., Ishii, S., & Oba, S. (2019).
  Online motion synthesis framework using a simple mass model based on predictive coding.
  Proceedings of the 18th annual ACM SIGGRAPH/Eurographics Symposium on Computer Animation, 2019/07/30 https://dl.acm.org/doi/abs/10.1145/3309486.3339894
• Meshgi, K., Mirzaei, M. S., Oba, S. (2019).
  Long and Short Memory Balancing in Visual Co-Tracking Using Q-Learning..
  IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), pp. 3970-3974, Taipei, Taiwan 2019/10/22-25 https://ieeexplore.ieee.org/abstract/document/8803577
• Nakae, K. (2019)
  Data assimilation on a whole brain using Brain/MINDS database..
  Workshop: Theory towards Brains, Machines and Minds, Wako, RIKEN CBS, 2019/10/15 (invited)

国内会議

• 窪田芳之、浦久保秀俊 (2019)
  Google Cloudを用いた神経組織SEM連続断面データの解析例の実際
  日本顕微鏡学会「生体ボリュームイメージング研究会第3回研究会」, Fukuoka, 2019.2.22
• 東広志, Bui Minh Vu, Aziz Ahmad Syahir, 中内茂樹 (2019)
  RGB画像を用いた光学的特徴抽出のための照明最適化.
  照明学会第52回全国大会, 2019.9.12
• 中江健, 畑 純一, Henrik Skibbe, Alexander Woodward, Carlos Gutierrez, 塚田 啓道, Rui Gong, 岡野 栄之, 石井 信 (2019)
  拡散MRIに基づくコモンマーモセット死後脳の神経結合の統計解析.
  第42回分子生物学会年会, 2019.12.3

2018年

学術論文誌

• Fuchigami,T., Shikauchi, Y., Nakae, K., Shikauchi, M., Ogawa, T., Ishii, S. (2018)
  Zero-shot fMRI decoding with three-dimensional registration based on diffusion tensor imaging.
  Scientific Reports, 2018;8(1):12342. doi:10.1038/s41598-018-30676-3
• Liang, Z., Hamada, Y., Oba, S. & Ishii, S. (2018)
  Characterization of electroencephalog- raphy signals for estimating saliency features in videos.
  Neural Networks,105: 52-64.
• Yamaguchi, S., Naoki, H., Ikeda, M., Tsukada, Y., Nakano, S., Mori, I., & Ishii,S. (2018)
  Thermotactic behavioral strategy of C. elegans identified using inverse reinforcement learning.
  PLoS Computational Biology,14(5): e1006122. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006122.
• Kondo, Y., Aoki, K., & Ishii, S. (2018)
  Inverse tissue mechanics of cell monolayer expansion.
  PLoS Computational Biology,14(3): e1006029. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006029.
• Yamada, T., Nishiyama, M., Oba, S., Jimbo, H. C., Ikeda, K., Ishii, S., Hong, K., & Sakumura, Y. (2018)
  Computational methods for estimating molecular system from membrane potential reordings in neuronal growth cone.
  Scientific Reports, 8, 4559, doi: 10.1038/s41598-018-22506-3
• Muta, Y., Fujita, Y., Sumiyama, K., Sakurai, A,. Taketo, M,. Chiba T,. Seno, H,. Aoki, K,. Matsuda, M,. & Imajo,M. (2018)
  Composite regulation of ERK activity dynamics underlies tumour-specific traits in the intestine.
  Nature Communications, 9(1):2174.
• Kobayashi, C., Okamoto, K., Mochizuki, Y., Urakubo, H., Funayama, K., Ishikawa, T., Kashima, T., Ouchi, A., Szymanska, A.F., Ishii, S., Ikegaya, Y. (2018)
  GABAergic inhibition reduces the impact of synaptic excitation on somatic excitation.
  Neuroscience Research, 146: 22-35

国際会議

• Fujita, Y. & Ishii, S. (2018)
  Reproducing the cognitive function with the robustness against the brain structure and with the efficient learning algorithm.
  CNS2018, Seattle, USA, 2018.7.15
• Liang, Z., Oba, S. & Ishii, S. (2018)
  Inherent Feature Connection (I-Con) Map for Liking Emotion Detection: an EEG Study.
  32nd British Human Computer Interaction Conference (BHCI 2018): Workshop on Affective Computing, pp. 1-5, http://dx.doi.org/10.14236/ewic/HCI2018.209, Belfast, UK, 2018.07.03.
• Meshgi, K., Oba, S., & Ishii, S. (2018)
  Efficient diverse ensemble for discriminative co-tracking.
  Computer Vision and Pattern Recoginition 2018(CVPR), 2018.06.07.
• Nakae, K., Hata. J., Skibbe, H., Alexander, W., Carlos, G.E., Tsukada, H., Gong, R., Okano, H., & Ishii, S. (2018)
  Individuality of macro-scale connectome of common marmoset with global fiber reconstruction by diffusion MRI.
  AINI 2018, Wako, 2018.12.21
• Urakubo, H.，Ishii, S. (2018)
  Improvement of a proof reading software in EM connectomics and its application to the simulation of extracellular DA signaling.
  Joint symposium of 10th optogenetics research conference and second international symposium on brain information dynamics 2018, Tokyo, 2018.7.5
• Urakubo, H.，Ishii, S. (2018)
  Development of a unified environment for automated neuronal network reconstruction from EM images
  AINI 2018, Wako, 2018.12.21

国内会議

• Fujita, Y. and Ishii, S. (2018)
  Reproducing the cognitive function with the robustness against the brain structure and with the efficient learning algorithm.
  Neuroscience 2018, Kobe, 2018.7.27
• Nakae, K., Hata. J., Skibbe, H., Alexander, W., Carlos, G.E., Tsukada, H., Gong, R., Okano, H., & Ishii, S. (2018)
  Visualizing an individual diversity of marmoset connectome with a pipeline of tractography by diffusion MRI.
  Neuroscience 2018, Kobe, 2018.7.27
• Urakubo, H., Parajuli, L.K., Bullmann, T., Oba, S., Okabe, S., Ishii, S. (2018)
  Multi-label volume reconstruction of FIB/SEM images and its application to the simulation of extracellular DA signaling.
  Neuroscience 2018, Kobe, 2018.7.26 
• Urakubo, H. (2018)
  Automated 3D reconstruction from a 2D stack of neuronal EM images.
  The 74th Annual Meeting of The Japanese Society of Microscopy, Fukuoka, 2018.5.31

2017年

学術論文誌

• Takenouchi,T.,Ishii,S.(2017)
  Binary classifiers ensemble based on Bregman divergence for multi-class classification.
  Neurocomputing, 273(17), 424-434
• Murakami, Y., Koyama, M., Oba, S., Kuroda, S. and Ishii, S. (2017)
  Model-based control of the temporal patterns of intracellular signaling in silico.
  Biophysics and Physicobiology, 14: 29-40.
• Meshgi, K., Maeda, S., Oba, S. and Ishii, S. (2017)
  Constructing a Meta-Tracker using Dropout to Imitate the Behavior of an Arbitrary Black-box Tracker Learning Systems.
  Neural Networks, 87: 132-138

国際会議

• Uchida, S.Oba, S., Ishii,S. (2017)
  Estimation of the change of agents behavioral strategy using state-action history.
  International Conference on Artificial Neural Networks. ICANN proceeding Part2,100-107
• Nishimoto, T., Morioka, H., Ishii, S. (2017)
  Individual identification by resting-state EEG using common dictionary learning.
  International Conference on Artificial Neural Networks. ICANN proceeding Part1,199-207

国内会議

• 内田滋穂里、大羽成征、石井信 (2017)
  行動履歴データによる行動方策学習者の探索戦略変化の推定.
  電子情報通信学会技術報告, 116(521): 7-12, 2017.03.13
• 濱田恭行、石井信.（2017)
  Saliencyに基づく動画観視時の事象関連電位解析.
  電子情報通信学会技術報告, 116(521): 49-53, 2017.03.13

2016年

学術論文誌

• Kondo, Y., Hayashi, K., and Maeda, S. (2016)
  Sparse Bayesian linear regression with latent masking variables.
  Neurocomputing, 258(4), pp. 3-12
• Shikauchi, Y. and Ishii, S. (2016)
  Robust encoding of scene anticipation during human spatial navigation.
  Scientific Reports, 6, 37599.
• Naoki, H., Nishiyama, M., Togashi, K., Igarashi, Y., Hong, K. and Ishii, S. (2016)
  Multi-phasic bi-directional chemotactic responses of the growth cone.
  Scientific Reports, 6, 36256
• Yamao, M., Aoki, K., Yukinawa, N., Ishii, S., Matsuda, M. and Naoki, H. (2016)
  Two new FRET imaging measures: linearly proportional to and highly contrasting the fraction of active molecules.
  PLoS ONE, 11(10): e0164254
• Li, Y., Nakae, K., Ishii, S. and Naoki, H. (2016)
  Uncertainty-dependent Extinction of Fear Memory in an Amygdala-mPFC Neural Circuit Model.
  PLoS Computational Biology 12(9): e1005099.
• Tsukada, Y., Yamao, M., Naoki, H., Shimowada, T., Ohnishi, N., Kuhara, A., Ishii, S. and Mori, I. (2016)
  Reconstruction of spatial thermal gradient encoded in thermosensory neuron AFD in Caenorhabditis elegans.
  Journal of Neuroscience 36(9), 2571-2581.
• Kato, K., Uchida, J., Kukita, Y., Kumagai, T., Nishino, K., Inoue, T., Kimura, M., Oba, S., Imamura, F. (2016)
  Numerical indices based on circulating tumor DNA for the evaluation of therapeutic response and disease progression in lung cancer patients.
  Scientific Reports. 6:29093.
• Kamino, K. and Kondo, Y. (2016)
  Rescaling of spatio-temporal sensing in eukaryotic chemotaxis.
  PLoS ONE 11(10): e0164674.
• Oba, S., Nakae, K., Ikegaya, Y., Aki, S., Yoshimoto, J., and Ishii, S. (2016)
  Empirical Bayesian significance measure of neuronal spike response.
  BMC neuroscience 17 (1).
• Meshgi, K., Maeda, S.i., Oba, S., Skibbe, H., Li, Y.z. , and Ishii. S. (2016)
  Occlusion Aware Particle Filter Tracker to Handle Complex and Persistent Occlusions using Multiple Feature Fusion.
  Journal of Computer Vision and Image Understanding 150(C): 81-94
• Imamura, F., Uchida, J., Kukita, Y., Kumagai, K., Nishino, K., Inoue, T., Kumura, M., Oba, S., and Kato, K. (2016)
  Monitoring of treatment responses and clonal evolution of tumor cells by circulating tumor DNA of heterogeneous mutant EGFR genes in lung cancer.
  Lung Cancer, 94, pp. 68-73

国際会議

• Urakubo, H., Aoki, K., Yagishita, S., Kasai, H., Ishii, S. (2016)
  The role of adenylate cyclase 1 in reinforcement synaptic plasticity: a modeling and experimental study.
  SfN annual meeting (126.03), San Diego, USA
• Baek, J., Oba, S., Yoshimoto, J., Doya, K. and Ishii, S. (2016)
  Descriptive, generative, and hybrid approaches for neural connectivity inference from neural activity data.
  CNS2016, Jeju island, South Korea
• Fuchigami, T., Shikauchi, Y., Nakae, K., Shikauchi, M. and Ishii, S. (2016)
  Brain decoding can be improved by diffusion imaging based registration.
  4th AINI 2016 and 14th INCF Nodes Workshop, RIKEN Wako, Japan
• Meshgi, K., Maeda, S., Oba, S. and Ishii, S. (2016)
  Data-driven Probabilistic Occlusion Mask to Promote Visual Tracking.
  CRV2016, Victoria, Canada.
• Miyato, T., Maeda, S., Koyama, M., Nakae, K. and Ishii, S. (2016)
  Distributional Smoothing with Virtual Adversarial Training.
  ICLR2016, San Juan, Puerto Rico.

国内会議

• 矢野 泰樹, 鹿内 友美, 石井 信. (2016)
  動的環境下におけるマルチプルモデル同定型強化学習の高速な方策最適化法の提案
  脳と心のメカニズム第16回冬のワークショップ, 北海道, 2016.1.7.
• Su, D., Oba, S., Koyama, M., Fujii, M., Kuroda, S., and Ishii, S. (2016)
  Sparse VARX model with Kalman-Smoother for metabolomics
  IPSJ SIG Technical Report, Vol. 2016-BIO-45, No. 8, pp. 1-6, 石川, 2016.3.19.
• 竹村 葉子, 大羽 成征, 石井 信 (2016)
  マウスメゾスケール神経回路の配線効率について
  情報処理学会研究報告, Vol. 2016-BIO-45, No. 5, pp. 1-6, 石川, 2016.3.18
• 大月 龍, 前田 新一, 石井 信 (2016)
  ベイズ的なモンテカルロ木探索法による線形制約付き非線形制御の提案
  電子情報通信学会技術研究報告IBISML, 115(511), pp. 31-38
• 前田新一. (2016)
  事前学習とその周辺
  電子情報通信学会 総合大会, AI-3-3, pp.SS-34-35
• 矢野泰樹、前田新一 (2016)
  混合ガウス分布を用いたサンプルクラスタリングに基づく方策探索
  電子情報通信学会技術研究報告IBISML, 116(300), pp.9-15, 京都, 2016.11.16
• Urakubo, H., Aoki, K., Yagishita, S., Kasai, H. and Ishii, S. (2016)
  Delayed activation of adenylate cyclase 1 as a causality detector of Action-Reward conditioning: Simulation and experiments.
  Neurosciene 2016, Pacifico Yokohama, Yokohama, Japan
• 村上陽平 (2016)
  細胞内酵素活性のオンライン制御アルゴリズム
  CREST「生命動態の理解と制御のための基盤技術の創出」研究領域第6回数理デザイン道場, 静岡

講演

• 前田新一
  統計的学習における学習の限界とは? -深層学習での学習の失敗例とその対策-
  ELC 計算量理論の秋学校2016, 湘南国際村, 神奈川

書籍・解説

• 牧野 貴樹 (著, 編集) 他 (含 前田新一) (2016)
  これからの強化学習.
  森北出版
• 前田新一 (2016)
  ビッグデータを対象としたデータマイニングの概要と基礎.
  プラズマ核融合学会誌, 92(5), 334-341, (2016).

2015年

学術論文誌

• Meshgi, K. and Ishii, S. (2015).
  Occlusion Handling in Visual Object Tracking: A Survey
  IEICE Information and Systems Transaction, vol. E98-D, no.7.
• Uchida, J., Kato, K., Kukita, Y., Kumagai, T., Nishio, K., Daga, H., Nagatomo, I., Inoue, T., Kimura, M., Oba, S., Ito, Y., Takeda, K., and Imamura, F. (2015)
  Diagnostic accuracy of noninvasive genotyping of EGFR in lung cancer patients using deep sequencing of plasma cell-free DNA
  Clinical Chemistry, 61:9, 1191-1196
• Asada, A., Ujita, S., Nakayama, R., Oba, S., Ishii, S., Matsuki, N., and Ikegaya, Y. (2015)
  Subtle Modulation of Ongoing Calcium Dynamics in Astrocytic Microdomains by Sensory Inputs.
  Physiological Reports 3:e12454.
• Shikauchi, Y., and Ishii, S. (2015).
  Decoding the view expectation during learned maze navigation from human fronto-parietal network
  Scientific Reports, 5, 17648.
• Yamao, M., Naoki, H., Kunida, K., Aoki, K., Matsuda, M., and Ishii, S. (2015)
  Distinct predictive performance of Rac1 and Cdc42 in cell migration
  Scientific Reports, 5, 17527.
• Uchida, J., Imamura, F., Kukita, Y., Oba, S., Kumagai, T., Nishino, K., Inoue, T., Kimura, M., Kato, K.
  Dynamics of circulating tumor DNA represented by the activating and resistant mutations in the EGFR-TKI treatment
  Cancer Science, 107(3), pp. 353–358
• Morioka, H., Kanemura, A., Hirayama, J., Shikauchi, M., Ogawa, T., Ikeda, S., Kawanabe, M., Ishii, S. (2015)
  Learning a common dictionary for subject-transfer decoding with resting calibration
  NeuroImage, 111(1), pp 167-178

国際会議

• Kondo Y., Aoki K., and Ishii S. (2015).
  A data assimilation approach for estimating rheological properties of moving cell sheets
  The Third Annual Winter Q-bio Meeting, USA.
• Koyama M. (2015).
  Inference of stochastic dynamical system from snapshot data
  The Third Annual Winter Q-bio Meeting, USA.
• Shikauchi, Y. & Ishii, S. (2015).
  Detecting representation of the view expectation in mPFC and posterior parietal cortex
  Computational and Systems Neuroscience (Cosyne), USA.
• Oba, S. (2015)
  How to handle rich dynamical intention with co-adaptive BCI?
  German-Japanese Adaptive BCI Workshop, Speaker 2-8, Kyoto, Japan.
• Azuma, Y., Shikauchi, Y., and Ishii, S. (2015)
  Reconstruction of three-dimensional multi-finger movements from MEG signals
  German-Japanese Adaptive BCI Workshop, Poster No.9, Kyoto, Japan.
• Shikauchi, Y., and Ishii, S. (2015)
  Robust anticipation of future scene views during goal-directed navigation in frontoparietal network
  German-Japanese Adaptive BCI Workshop, Poster No.8, Kyoto, Japan
• K. Meshgi, S. Maeda, S. Oba, and S. Ishii. (2015)
  Imitation Game: How a Imitate any Visual Tracker using a few Videos
  International Meeting on High-Dimensional Data Driven Science (HD3-2015), Poster No. 12, Kyoto, Japan, 2015.12.16.
• Shikauchi, Y., and Ishii, S. (2015).
  Robust anticipation of future scene views during goal-directed navigation in frontoparietal network
  International Symposium on Prediction and Decision Making 2015, Poster No.37, Tokyo, Japan, 2015.10.31-11.1
• Kondo, Y., Hayashi, K., and Maeda, S. (2015).
  Bayesian Masking: Sparse Bayesian Estimation with Weaker Shrinkage Bias.
  ACML2015, JMLR Workshop and Conference Proceedings, vol.45, pp.49-64.
• Hayashi, K., Maeda, S & Fujimaki, R. (2015).
  Rebuilding Factorized Information Criterion: Asymptotically Accurate Marginal Likelihood.
  ICML2015, JMLR Workshop and Conference Proceedings, vol.37, pp.1358–1366.
• Meshgi, K. and Ishii, S. (2015).
  Expanding Histogram of Colors with Gridding to Improve Tracking Accuracy
  Proc. of MVA'15, pp. 475-479, Tokyo, Japan
• Koyamada, S., Koyama, M., Nakae, K., and Ishii, S. (2015).
  Principal Sensitivity Analysis.
  PAKDD 2015, Part I, LNAI 9077, pp. 621-632, Vietnam
• Sakurai, S., Oba, S., and Ishii, S.
  Inverse Reinforcement Learning Based on Behaviors of a Learning Agent.
  International Conference on Neural Information Processing(ICONIP), Lecture Notes in Computer Science, 9489, pp. 724-732, Istanbul, Turkey, 2015.11.9-12.
• Baek, J., Oba, S., Yoshimoto, J., Doya, K., and Ishii, S.
  Computational Complexity Reduction for Functional Connectivity Estimation in Large Scale Neural Network
  International Conference on Neural Information Processing(ICONIP), Lecture Notes in Computer Science, 9491, pp. 583–591, Istanbul, Turkey, 2015.11.9-12.

国内会議

• 村上陽平. (2015)
  粒子スムーザを用いたインスリン時間情報コードのベイズ推定
  生命動態の分子メカニズムと数理 生命動態システム科学四拠点・CREST・PREST合同シンポジウム. 京都
• 近藤洋平. (2015)
  組織レオロジーの理解に向けたデータ同化アプローチ
  生命動態の分子メカニズムと数理 生命動態システム科学四拠点・CREST・PREST合同シンポジウム. 京都
• Shikauchi Y, Ishii S. (2015)
  Robust representation of the view expectation during active navigation
  第15回脳と心のメカニズム冬のワークショップ
• 浦久保秀俊. (2015)
  行動-報酬タイミング依存シナプス可塑性のシグナル伝達モデル
  第15回脳と心のメカニズム冬のワークショップ
• Nakae K, Ikegaya Y, Ishikawa T, Oba S, Urakubo H, Koyama M, Ishii S. (2015)
  A predictive approach for identifying interactions in neuron-glia systems
  第15回脳と心のメカニズム冬のワークショップ
• 内橋堅志, 大羽成征, 石井信. (2015)
  電子顕微鏡連続切片画像のZ方向超解像
  第15回脳と心のメカニズム冬のワークショップ
• Morioka, H., Kanemura, A., Hirayama, J., Shikauchi M., Ogawa, T., Ikeda, S., Kawanabe, M., and Ishii, S.(2015)
  Subject-transfer decoding by learning a common dictionary from multisubject dataset
  10th AEARU Workshop on Computer Science and Web Technology. Tsukuba.
• Koyamada, S., Shikauchi, Y., Nakae, K., Koyama, M., and Ishii, S.(2015)
  Knowledge Discovery for Nonliner Classifier in Functional Neuroimaging
  10th AEARU Workshop on Computer Science and Web Technology. Tsukuba.
• Miyato, T., Oba, S., and Ishii, S.(2015)
  A study on knowledge acquisition with artificial neural networks.
  10th AEARU Workshop on Computer Science and Web Technology. Tsukuba.
• 児玉悠, 大羽成征, 石井信. (2015)
  機械学習を用いた一般生活環境下での行動認識手法の検討 '''電子情報通信学会技術研究報告IBISML''', vol. 114, no. 502, IBISML2014-95, pp. 73-78
• 東良樹, 鹿内友美, 中村泰, 平山淳一郎, 石井 信.（2015)
  状態遷移モデルを用いた脳磁図信号からの3次元手指運動の再構成.
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 114(515), pp. 199-204
• 渕上卓也, 鹿内学, 鹿内友美, 中江健, 大羽成征, 石井信. (2015)
  拡散テンソル画像を利用した脳機能画像の位置あわせ.
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 114(514), pp. 233-237
• 村瀬晃生, 本田直樹, 石井信. (2015)
  外部シグナルに制御される細胞集団移動の数理モデル.
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 114(515), pp. 245-248
• 近藤洋平(2015)
  定量生物学におけるシステム同定
  定量生物学の会第七回年会, 2015.1.12
• 村上陽平. (2015).
  インスリン時間情報コードのベイズ推定
  CREST「生命動態の理解と制御のための基盤技術の創出」研究領域第4回数理デザイン道場, 兵庫.
• 内橋堅志, 石井信, 大羽成征. (2015).
  Convolutional Neural Networkを用いた電子顕微鏡連続切片画像Z補間
  第29回人工知能学会全国大会(JSAI 2015), 演題番号1M5-1, 北海道.
• 櫻井俊輔, 大羽 成征, 石井 信.(2015).
  学習途上エージェントの挙動に基づく逆強化学習
  電子情報通信学会技術研究報告IBISML, 115(112), pp. 95-99, 沖縄.
• 白定勳, 大羽成征, 吉本潤一郎, 銅谷賢治, 石井信.(2015).
  Computational Complexity Reduction for Functional Connectivity Estimation in Large Scale Neural Network
  電子情報通信学会技術研究報告IBISML, 115(112), pp. 181-185, 沖縄.
• 宮戸岳, 前田新一, 小山雅典, 中江健, 石井信. (2015)
  分布の局所平滑化による正則化の提案
  電子情報通信学会技術研究報告IBISML, 115(323), pp.257-264, つくば, 2015.11.27.
• 近藤洋平, 林浩平, 前田新一. (2015)
  ベイジアンマスキングを用いたスパース特徴選択
  電子情報通信学会技術研究報告IBISML, 115(323), pp.265-272, つくば, 2015.11.27.
• 大月 龍, 前田 新一, 石井 信. (2015)
  評価値推定の曖昧さを考慮に入れた確率的探索方策の提案
  第58回自動制御連合講演会講演論文集, 1D3-5, 神戸, 2015.11.14.

解説

• 石井信 (2015)
  スーパーコンピュータによる脳神経系シミュレーション
  Simluation of neural systems based on supercomputer
  人工知能学会誌,30(5), pp.616-622.
• 浦久保秀俊 (2015)
  神経系大規模シミュレーションのためのソフトウェア～NEURONとNEST～
  Software for large-scale neural simulation: NEURON and NEST
  日本神経回路学会誌,22(3), pp.133-144.

受賞

• 2015年度 システム制御情報学会論文賞
  中野大智, 前田新一, 石井信 (2014)
  「状態非依存の方策を用いた新しい強化学習法の提案」
  システム制御情報学会論文誌, 27(8), pp.327-332, (2014).

講演

• 前田新一
  ベイズ推定の医用Ⅹ線CTへの活用
  Ⅹ線ナノ集光技術研究会

書籍

• 深層学習：Deep Learning
  監修：人工知能学会, 編集：神嶌敏弘,
  著者：麻生 英樹, 安田 宗樹, 前田 新一, 岡野原 大輔, 岡谷 貴之, 久保 陽太郎, ボレガラ ダヌシカ.
  近代科学社.

2014年

学術論文誌

• Urakubo, H., Sato, M., Ishii, S., & Kuroda, S. (2014).
  In vitro reconstitution of a memory switch of CaMKII.
  Biophysical Journal, 106(6), 1414-1420.
  New and Notable: "First Demonstration of Bistability in CaMKII, a Memory-Related Kinase." Michalski PJ. (2014). Biophys J 106(6): pp. 1233-1235.
• Hayashi, Y., Ishii, S., & Urakubo, H. (2014).
  A computational model of afterimage rotation in the peripheral drift illusion based on retinal ON/OFF response.
  PLoS ONE, 9(12): e115464.
• Ahamed, T., Kawanabe, M., Ishii, S., & Callan, D. (2014).
  Structural differences in gray matter between glider pilots and non-pilots. A voxel based morphometry study.
  Frontiers in Neurology 5:248.
• Skibbe, H., Reisert, M., Maeda, S., Koyama, M., Oba, S., Ito, K., & Ishii, S. (2014).
  Efficient Monte Carlo image analysis for the location of vascular entity.
  IEEE Transactions on Medical Imaging, 34(2), pp. 628-643
• Nakae, K., Ikegaya, Y., Ishikawa, T., Oba, S., Urakubo, H., Koyama, M. & Ishii, S. (2014).
  A statistical method of identifying interactions in neuron-glia systems based on functional multicell Ca2+ imaging.
  PLoS Computational Biology, 10(11), e1003949.
• Yagishita, S., Hayashi-Takagi, A., Ellis-Davies, G.C.R., Urakubo, H., Ishii, S., & Kasai, H. (2014).
  A critical time window for dopamine actions on the structural plasticity of dendritic spines.
  Science, 345(6204), 1616-1620.
• Kunkel, S., Schmidt, M., Eppler, J.M., Plesser, H.E., Masumoto, G., Igarashi, J., Ishii, S., Fukai, T., Morrison, A., Diesmann, M., & Helias, M. (2014).
  Spiking network simulation code for petascale computers.
  Frontiers in Neuroinfomatics 8:78.
• Murakami, Y. (2014).
  Bayesian Parameter Inference and Model Selection by Population Annealing in Systems Biology.
  PLoS ONE, 9(8): e104057.
• Naoki, H., & Ishii, S. (2014).
  Mathematical modeling of neuronal polarization during development.
  Progress in Molecular Biology and Translational Science, 41, 123-127.
• Morioka, H., Kanemura, A., Morimoto, S., Yoshioka, T., Oba, S., Kawanabe, M., & Ishii, S. (2014).
  Decoding spatial attention by using cortical currents estimated from electroencephalography with near-infrared spectroscopy prior information. 
  NeuroImage 90:128-39.
• 中野太智，前田新一，石井信 (2014)
  状態非依存の方策を用いた新しい強化学習手法の提案.
  システム制御情報学会論文誌, 27(8), pp.327-332.

国際会議

• Koyamada, S., Shikauchi, Y., Nakae, K., & Ishii, S. (2014).
  Construction of subject-independent brain decoders for human fMRI with deep learning.
  Proceedings of the International Conference on Data Mining, Internet Computing, and Big Data, 60-68.
• Skibbe, H., Reisert, M., & Ishii, S. (2014).
  Efficient Metropolis-Hasting image analysis for the location of vascular entity.
  Proceedings of the 36th German Conference on Pattern Recognition (GCPR), Lecture Notes in Computer.
• Naoki, H., Yamao, M., and Ishii, S. (2014).
  Reconstruction of cellular migrating behavior based on molecular activity.
  ESF-EMBO Symposium, Flies, worms and robots: combining perspectives on minibrains and behaviour, Spain
• Yamao, M., Tsukada, Y., Naoki, H., Mori, I., and Ishii, S. (2014).
  Functional identification of thermotactic neural system in C. elegans.
  ESF-EMBO Symposium, Flies, worms and robots: combining perspectives on minibrains and behaviour, Spain

国内会議

• 林優一郎，浦久保秀俊，石井信．(2014.3)
  網膜ON/OFF応答の焦点時刻が説明する残像回転錯視
  電子情報通信学会技術研究報告, 113(500), NC-2013-93.
• Meshgi, K., Maeda, S., Oba, S., Ishii, S. (2014.3)
  Fusion of Multiple Cues from Color and Depth Domains using Occlusion Aware Bayesian Tracker
  電子情報通信学会技術研究報告, NC-2013-110.
• 井本康宏，前田新一，石井信．(2014.3)
  チェビシェフ多項式近似を用いた変分ベイズ法による顕微鏡画像の三次元超解像
  電子情報通信学会技術研究報告, 113(500), NC-2013-111.
• 櫻井俊輔，大羽成征，石井信．(2014.3)
  BMIによるヘリコプター操縦のための相互学習
  電子情報通信学会技術研究報告, 113(500), NC-2013-129.
• 大月龍，前田新一，石井信．(2014.3)
  不完全情報ゲームに対する階層化したモンテカルロ探索とそのぷよぷよへの適用
  電子情報通信学会技術研究報告, 113(500), NC-2013-136.
• 澤田智治，前田新一，石井信．(2014.3)
  構造化階層的隠れマルコフモデルとスケルトンデータを用いた行動認識
  電子情報通信学会技術研究報告, 113(500), NC-2013-141.
• 鹿内友美，石井信．（2014.1）
  fMRI 脳活動から prior belief を読み出す
  第14回脳と心のメカニズム冬のワークショップ
• 小山田創哲，鹿内友美，石井信．（2014.1）
  大規模 fMRI データベースからの脳活動表現の学習
  第14回脳と心のメカニズム冬のワークショップ
• 林優一郎, 浦久保秀俊, 石井信. (2014.1)
  輝度勾配画像における残像回転錯視のモデル
  第14回脳と心のメカニズム冬のワークショップ
• Morioka, H., Kanemura, A., Hirayama, J., Shikauchi M., Ogawa, T., Ikeda, S., Kawanabe, M., and Ishii, S. (2014)
  Subject-independent BMI through sparse learning of spatial bases common across sessions and subjects
  Neuro2014. Yokohama.
• Li, Y., Ishii, S., and Naoki, H. (2014)
  A model of Amygdala-mPFC interaction for resistance to extinction after partial reinforcement fear conditioning.
  Neuro2014. Yokohama.
• Koyamada, S., Shikauchi, Y., Nakae, K., and Ishii, S. (2014)
  Learning the subject-independent discriminative features from the largr-scale fMRI database
  Neuro2014. Yokohama.
• 近藤洋平、青木一洋、石井信. (2014)
  Characterizing rheological properties of migrating epithelial sheets by a data assimilation approach
  第３７回日本分子生物学会年会、横浜
• Morioka, H., Kanemura, A., Hirayama, J., Ogawa, T., Ikeda, S., Kawanabe, M., and Ishii, S. (2014)
  Subject-independent decoding from EEG through sparse learning of spatial bases common across sessions and subjects.
  INCF Japan Node International Workshop: Advances in Neuroinformatics 2014 (AINI 2014). Wako.
• Skibbe, H., Ito,K. and Ishii, S. (2014)
  Large-Scale Tracking and Modeling of Neural Networks in 3D Micrographs.
  INCF Japan Node International Workshop: Advances in Neuroinformatics 2014 (AINI 2014). Wako

招待講演

• 大羽成征
  ガウス過程の基礎と応用
  統計数理研究所公開講座
• Ishii, S.
  Data-driven brain decoding techniques.
  10th AEARU Workshop on Computer Science and Web Technology. Tsukuba
• 大羽成征
  経験ベイズ検定による偽陽性制御の方法とその応用
  大阪大学・生命機能数理モデル検討会

解説

• 前田新一 (2014)
  コントラスティブダイバージェンス法とその周辺
  人工知能学会誌,29(4), pp.366-380.

書籍

• 杉山将, 井手剛, 神嶌敏弘, 栗田多喜夫, 前田英作. (監訳)
  井尻善久, 井手剛, 岩田具治, 金森敬文, 兼村厚範, 烏山昌幸, 河原吉伸, 木村昭悟, 小西嘉典, 酒井智弥, 鈴木大慈, 竹内一郎, 玉木徹, 出口大輔, 冨岡亮太, 波部斉, 前田新一, 持橋大地, 山田誠. (訳)
  "統計的学習の基礎 - データマイニング・推論・予測 -." 共立出版, (2014).
  Trevor Hastie, Robert Tibshirani and Jerome Friedman. (原著者)
  "The Elements of Statistical Learning - Data Mining, Inference and Prediction -."

2013年

学術論文誌

• Kukita, Y., Uchida, J., Oba, S., Nishino, K., Kumagai, T., Taniguchi, K., Okuyama, T., Imamura, F., and Kato K. (2013)
  Quantitative identification of mutant alleles derived from lung cancer in plasma cell-free DNA via anomaly detection using deep sequencing data. 
  PLoS ONE 8(11): e81468. doi:10.1371/journal.pone.0081468.

国際会議

• Urakubo, H., Ishii, S., and Kuroda, S. (2013.11)
  In vitro Reconstitution of an Erasable Memory Switch of CaMKII.
  SfN annual meeting , No. 233.17.
• Shikauchi, Y., and Ishii, S. (2013.7)
  Prediction is predictable from human brain activity in frontal-parietal cortex. 
  Computational neuroscience meeting (CNS2013), P181
• Shikauchi, Y., and Ishii, S. (2013)
  Decoding scene prediction associated with decision making
  Neuro2013, P1-2-184.
• Hirayama, J., Shikauchi, Y., Nakamura, Y., Maeda, S., Takenouchi, T., Kanemura, A., Kawanabe, M., and Ishii, S. (2013.6)
  Decoding hand movements in everyday activities from magnetoencephalography. 
  Neuro2013, P1-1-242.
• Okadome, Y., Nakamura, Y., Shikauchi, Y., Ishii, S., and Ishiguro, H. (2013)
  Fast approximation method for gaussian process regression using hash function for non-uniformly distributed data.
  23rd International Conference on Artificial Neural Networks (ICANN 2013), Lecture Notes in Computer Science, 8131, pp. 17-25.

国内会議

• 中野太智，前田新一，石井信．(2013.1)
  経路積分強化学習による猫ひねり運動の制御
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 112(389), pp. 19-24, NC2012-97.
• 田和明洋，前田新一，石井信．(2013.1)
  協調行動学習における非定常性の重要性
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 112(389), pp. 25-30, NC2012-98.
• 井本康宏，前田新一，石井信．(2013.1)
  ベイズ推定による顕微鏡画像の深さ推定
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 112(389), pp. 31-36, NC2012-99.
• 鹿内友美，石井信．(2013.3)
  脳内で予測された次時刻シーンのデコーディング
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 112(480), pp. 239-242, NC2012-175.
• K. Meshgi, Y. Li, S. Oba, S. Maeda, S. Ishii, (2013.9)
  Enhancing Probabilistic Appearance-Based Object Tracking with Depth Information: Object Tracking under Occlusion
  IEICE Tech. Rep., vol. 113, no. 197, IBISML2013-22, pp. 85-91.
• 大羽成征，中江健， 吉本潤一郎．(2013.6)
  動力学的因果モデリングにおける神経スパイク交差コレログラム解析について
  情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）, 2013-BIO-34, 9, 1-5.
• 中野太智，前田新一，石井信．(2013.5)
  状態非依存の方策を用いた新しい強化学習手法の提案
  第57回システム制御情報学会論文集, 323-5.
• 吉川大悟，前田新一，石井信．(2013.5)
  吸収係数のエネルギー依存性を考慮したX線CTアルゴリズムの提案
  第57回システム制御情報学会論文集, 336-2.

解説

• 植野剛, 前田新一, 川鍋一晃 (2013)
  統計学習の観点から見たTD学習
  計測と制御,52(3), pp.277-283.

ワークショップ

• 森岡博史, 兼村厚範, 川鍋一晃, 吉岡琢, 森本智志, 石井信. (2013.01)
  NIRSを事前情報としEEGから推定された皮質電流からの空間注意のデコーディング,
  第13回脳と心のメカニズム冬のワークショップ, ポスター発表
• 鹿内友美, 石井信. (2013.01)
  三次元ナビゲーション環境におけるシーン予測のデコーディング,
  第13回脳と心のメカニズム冬のワークショップ, ポスター発表

招待講演

• Ishii, S. (2013.3.7) 
  Network-based BMI: toward brain machine interface in real envionments. 
  IPAM Workshop on Multimodal Neuroimaging, University of California, Los Angeles

2012年

学術論文誌

• Ihara, M., Maeda, S., Ikeda, K., and Ishii, S. (2012)
  Low-dimensional Feature Representation for Instrument Identification.
  SICE Jounal of Control,Measument,and System Integration, 5(4), pp.249-258.
• Ueno, T. Maeda, S. and Ishii,S. (2012)
  Asymptotic analysis of value prediction by well-specified and misspecified models. 
  Neural Networks, 31, pp.88-92.
• Kouno, M., Nakae, K., Oba, S., and Ishii, S. (2012)
  Microscopic image restoration based on tensor factorization of rotated patches.
  Artificial Life and Robotics, 17, pp.417-425.

国際会議

• Nakano, D., Maeda, S., & Ishii, S. (2012)
  Control of a Free-Falling Cat by Policy-Based Reinforcement Learning. 
  The International Conference on Artificial Neural Networks (ICANN), Lecture Notes in Artificial Intelligence , 7553, pp.116-123

国内会議

招待講演

• 前田新一 (2012.12.14) 
  「セミパラメトリック統計学の立場からの方策評価法の解析」,
  情報統計力学の最前線 4th YSM-SPIP, 東北大学
• 浦久保秀俊 (2012.12.10)
  「シナプス可塑性メカニズムの理論的基盤の構築に向けて」
  玉川大学研究所若手の会12月談話会（若手の会談話会第87回）, 玉川大学
• 前田新一 (2012.10.24)
  「ベイズ推論に基づく新しいX線CT」 
  電子顕微鏡機能イメージングの医学・生物学への応用 「高次機能イメージングの最先端」,
  自然科学研究機構 生理研研究会
• Ishii, S. (2012.6.13)
  Modeling and simulation of neuronal morphology.
  Okinawa Computational Neuroscience Course, Okinawa Institute of Science and Technology 

2011年

学術論文誌

• Kim, W., Matsui, T., Yamao, M., Ishibashi, M., Tamada, K., Takumi, T., Kohno, K., Oba, S., Ishii, S., Sakumura, Y., Bessho, Y. (2011). 
  The period of the somite segmentation clock is sensitive to Notch activity.
  Molecular Biology of Cell, 22(18), 3541-3549.
• Naoki, H., Nakamuta, S., Kaibuchi, K., and Ishii, S. (2011)
  Flexible Search for Single-Axon Morphology during Neuronal Spontaneous Polarization.
  PLoS one, 6(4), e19034. doi:10.1371/journal.pone.0019034.
• Nishiyama, M., Togashi, K., von Schimmelmann, M. J., Lim, C.-J., Maeda, S., Yamashita, N., Goshima, Y., Ishii, S. and Hong, K. (2011)
  Semaphorin 3A induces Ca_v2.3 channel-dependent conversion of axons to dendrites.
  Nature Cell Biology, 13(6), pp.676-685, doi:10.1038/ncb2255.
• Ueno, T., Maeda, S., Kawanabe, M. and Ishii, S. (2011)
  Generalized TD Learning.
  Journal of Machine Learning Research, 12, pp.1977-2020.
• Takahashi, N., Oba, S., Yukinawa, N., Ujita, S., Mizunuma, M., Matsuki, N., Ishii, S. and Ikegaya, Y. (2011)
  High-speed multineuron calcium imaging using Nipkow-type confocal microscopy . Curr. Protoc. Neurosci., 57:2.14.1-2.14.10. doi:10.1002/0471142301.ns0214s57.
• Nonaka, S., Naoki, H. and Ishii, S. (2011)
  A multiphysical model of cell migration integrating reaction–diffusion, membrane and cytoskeleton.
  Neural Networks, 24, pp.979-989.
• Yoshimoto, J., Sato, M., and Ishii, S. (2011)
  Bayesian normalized Gaussian network and hierarchical model selection method.
  Intelligent Automation and Soft Computing, 17(1), 71-94.
• Yamao, M., Naoki, H. and Ishii, S. (2011)
  Multi-Cellular Logistics of Collective Cell Migration.
  PLoS ONE, 6(12), e27950. doi:10.1371/journal.pone.0027950.
• Takenouchi, T., & Ishii, S. (2011)
  Ternary Bradley-Terry model-based decoding for multiclass classfication.
  Machine Learning, 1-24, doi:10.1007/s10994-011-5240-0. 
• Mori, T., & Ishii, S. (2011).
  Incremental State Aggregation for Value Function Estimation in Reinforcement Learning.
  IEEE Transactions on Systems, Man and Cybernetics, 41(5), 1407-1416.

解説

• 前田新一，兼村厚範，石井信．(2011)
  確率システムの立場からの画像情報処理技術.
  システム制御情報学会誌, 55(12), pp.532-538

国際会議

• Naito, S., Yukinawa N., and Ishii, S.(2011.1)
  A simulation study of visualperceptual learning with attetional signals.
  International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 16th '11), GS11-103.
• Hikaru, H. Oba, S., and Ishii, S. (2011)
  Multiple Granger causality tests for network structure estimation from time-series data. 
  International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB), GS14-4.
• Tanaka, T., Maeda, S., & Ishii, S. (2011)
  Motion compensated X-ray CT algorithm for moving objects.
  The Tenth International Conference on Machine Learning and Applications, doi:10.1109/icmla.2011.97
• Aki, S., Oba, S.,  Nakae, K., & Ishii, S. (2011)
  A sparse regression method to estimate neuronal structure from spike sequence.
  The Seventeenth International Symposium on Artificial Life and Robotics 2012, 718-721.
• Kambara, S., Oba, S. (2011)
  Density map of attentional capacity allocation.
  The Seventeenth International Symposium on Artificial Life and Robotics 2012, 710-713.
• Kouno, M., Nakae, K., Oba, S., & Ishii, S. (2011)
  Microscopic image restoration based on tensor factorization of rotated patches.
  The Seventeenth International Symposium on Artificial Life and Robotics 2012, 902-905.

国内会議

• 寺村佳子, 前田新一(2011.2)
  演奏者の個性を表す特徴に関する考察. 
  情報処理学会音楽情報科学研究会報告, 2011-MUS-89, No.11.
• 植野剛, 前田新一, 川鍋一晃, 石井信. (2010)
  セミパラメトリック統計学の視点からのTD学習の一般化
  電子情報通信学会技術研究報告IBISML, 110(76), pp. 129-136.
  IBISML2010-20.
• 播磨輝, 大羽成征, 石井信 （2011.3）
  ネットワーク構造推定問題における同時多重性を考慮したグレンジャー因果推定の改良手法について.
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 110(461), pp.301-306. NC2010-178.
• 内藤慧, 行縄直人, 石井信 （2011.3）
  注意による影響を考慮した知覚学習のシミュレーションモデル.
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 110(461), pp.77-82, NC2010-140.
• 野田朋裕, 前田新一, 石井信 （2011.3）
  光学系における二点分解能解析のための統計的手法.
  情報処理学会研究報告（バイオ情報学）, 2011-BIO-24(8), pp.1-6.
• 河野正行，大羽成征，石井信．(2011.6)
  テンソル因子化を用いたニューロンイメージの修復.
  情報処理学会 バイオ情報学研究会 (SIG BIO), Vol.2011-BIO-25 No.36.
• 神原聡，大羽成征，石井信．(2011.6)
  視覚的注意効能のマップ表現構築に向けて.
  情報処理学会 バイオ情報学研究会 (SIG BIO), Vol.2011-BIO-25 No.28.
• 安藝俊介，大羽成征，中江健，石井信．(2011.9)
  スパイク信号列に基づく神経細胞間ネットワーク構造推定：group LASSOによるアプローチ．
  情報処理学会 バイオ情報学研究会 (SIG BIO), Vol.2011-BIO-26 No.4.
• 石井信．(2011.9)
  ネットワーク社会のブレインマシンインターフェース.
  電子情報通信学会 ソサエティ大会(IEICE).
• 本田直樹，西山誠，Kyonsoo Hong，石井信．(2011.9)
  軸索誘導および極性形成の理論的モデル．
  第34回日本神経科学大会，S2-D-2-5.
• 福嶋誠，山下宙人，兼村厚範，石井信，川人光男，佐藤雅昭．(2011.9)
  状態空間アプローチに基づく局所的な脳磁図電流源の推定法．
  第34回日本神経科学大会，P3-q21.
• 石井信．(2011.9)
  ネットワーク型ブレインマシンインターフェースに向けて．
  第34回日本神経科学大会，ランチョンセミナー，LS6.

招待講演

• Ishii, S．(2011.9)
  Modeling and simulations of neuronal morpholigy.
  NeuroInformatics2011(invited)
  Boston, U.S.A.
• Honda Naoki, Makoto Nishiyama, Kynsoo Hong, Shin Ishii．(2011.9)
  Theoretical modeling for axon guidance and polarization
  シンポジウム:Gradients of guidance cues in axon and dendrite patterning,
  第34回日本神経科学大会

2010年

学術論文誌

• Kanemura, A., Maeda, S., Fukuda, W. and Ishii, S. (2010)
  Bayesian Image Superresolution and Hidden Variable Modeling.
  Journal of Systems Science and Complexity, 23(1), pp. 116-136.
• Yoshida, W., Funakoshi, H., and Ishii, S. (2010)
  Hierarchical rule switching in prefrontal cortex.
  NeuroImage, 50(1), 314-322.
• Kanemura, A., Maeda, S., and Ishii, S. (2010)
  Sparse Bayesian learning of filters for efficient image expansion.
  IEEE Transactions on Image Processing, 19(6), pp.1480-1490.
• Kanemura, A., Maeda, S., Fukuda, W., and Ishii, S. (2010)
  Bayesian image superresolution and hidden variable modeling.
  Journal of Systems Science and Complexity,23(1), 116-136.
• Maeda, S., Fukuda, W., Kanemura, A. and Ishii, S. (2010)
  Maximum a Posteriori X-ray Computed tomography using graph cuts.
  Journal of Physics: Conference Series, 233 012023.
• Toriyama, M., Sakumura, Y., Shimada, T., Ishii, S. and Inagaki, N. (2010)
  A diffusion-based neurite length sensing mechanism involved in neuronal symmetry-breaking. 
  Molecular Systems Biology, 6 364.
• Shinji Hotta, Shigeyuki Oba and Shin Ishii. (2010)
  Visual attention model involving feature-based inhibition of return.
  ARTIFICIAL LIFE AND ROBOTICS, 15(2), pp. 129-132. 

国際会議

• W. Fukuda, S. Maeda, A. Kanemura, and S. Ishii. (2010.3)
  Bayesian X-ray computed tomography using material class knowledge.
  International Conference on Acoustics, Speech, and Signal Processing (ICASSP), pp. 2126-2129, Dallas, TX, USA.
• Fukuda, W., Maeda, S., Kanemura, A., and Ishii, S. (2010)
  X-ray computed tomography using material-class modeling by Markov random field minimization.
  International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB), pp. 662-665.
• Hotta, S., Oba, S., and Ishii, S. (2010)
  Visual attention model involving feature-based inhibition of return.
  International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB), pp. 533-536.
• Nishioka, S. Maeda, S., and Ishii, S. (2010)
  Machine learning approach to 9-dof arm robot control.
  International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB), pp. 282-285.
• Yamao, M., Naoki, H., and Ishii, S. (2010.9)
  Noise-Induced Collective Migration for Neural Crest Cells.
  International Conference on Artificial Neural Networks (ICANN), Lecture Notes in Computer Science , 6352, pp. 155-163.
• Adomi, M., Shikauchi, Y., and Ishii, S. (2010.9)
  Hidden Markov model for human decision process in a partially observable environment.
  International Conference on Artificial Neural Networks (ICANN), Lecture Notes in Computer Science , 6353 , pp. 94-103.
• Shikauchi, Y., Adomi, M., and Ishii, S. (2010.9)
  Separation of exploration and exploitation in maze navigation task.
  Neuro2010, O2-9-1-4.
• Shigeyuki Oba, Shin Ishii. (2010.9)
  Restoration of 3d microscopic image stack by hierarchical estimation of diffusion tensor field.
  Neuro2010, P1-r18.
• Kevin C.Y. Chien, Shigeyuki Oba, Shin Ishii. (2010.9)
  Human brain image registration for diffusion MRI data and neuro-fiber categorization.
  Neuro2010, P2-r17.
• Hikaru Harima, Shigeyuki Oba, Shin Ishii. (2010.9)
  Neuronal network structure estimation by a modification of Granger causality.
  Neuro2010, P3-r06.
• Satoshi Naito, Naoto Yukinawa, and Shin Ishii. (2010.9)
  A spiking neural network model of primary visual cortex for perceptual learning.
  Neuro2010, P1-q21.
• Naoto Yukinawa and Shin Ishii. (2010.9)
  Learning spatio-temporal visual features by a large scale neural network model.
  Neuro2010, P3-q13.
• Tomohiro Noda , Shin Ishii, and Shin-ichi Maeda. (2010.9)
  A statistical method for defining two-point resolution in optical microscopy.
  Neuro2010, P1-r17.
• Seigo Nonaka, Naoki Honda, and Shin Ishii. (2010.9)
  Multi-physical full-scale simulation for neuronal morphogenesis.
  Neuro2010, O2-10-1-2.
• Naoto Yukinawa and Shin Ishii. (2010.8)
  Learning spatio-temporal visual features by a large-scale neural network model.
  Frontiers in Neuroscience. Conference Abstract: Neuroinformatics 2010, DOI: 10.3389/conf.fnins.2010.13.0009.
• Seigo Nonaka, Honda Naoki, and Shin Ishii. (2010.8)
  Large Scale Neuronal Simulation.
  Frontiers in Neuroscience. Conference Abstract: Neuroinformatics 2010, DOI: 10.3389/conf.fnins.2010.13.0009. 

国内学会・研究会

• 富澤弘貴, 前田新一, 石井信. (2010)
  オンライン適応自然勾配法による囲碁の盤面評価の学習
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 109(461), pp. 449-454, NC2009-164.
• 福田航, 前田新一, 兼村厚範, 石井信. (2010)
  混合事前分布を用いたベイズX線CT
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 109(461), pp. 267-272, NC2009-133.
• 寺村佳子, 前田新一. (2010)
  統計的学習によるテンポの変動を考慮したピアノ演奏模写
  情報処理学会 音楽情報科学研究会(SIG-MUS-84) Vol.2010, No.12.
• 安富正博, 鹿内友美, 石井信. (2010)
  部分観測環境におけるヒトの推論過程のHMMによるモデル化.
  脳と心のメカニズム第10回冬のワークショプ, ポスターセッション

解説

• 兼村厚範, 前田新一, 福田航, 石井信. (2010.9)
  不確実性を手なずけるベイズ統計推測による画像超解像.
  電子情報通信学会誌, 93(9), pp. 759-763.

招待講演

• 大羽成征. (2010.6)
  超多重検定によって分かること.
  情報論的学習理論と機械学習研究会, IEICE-IBISML2010-15, pp. 95-102.

2009年

学術論文誌

• Ihara, M., Maeda, S., and Ishii, S. (2009)
  Solo instrumental music analysis using the source-filter model as a sound production model considering temporal dynamics.
  Neural Computing and Applications, 18(1), pp. 3-14.
• Shibata, K., Yamagishi, N., Ishii, S., and Kawato, M. (2009)
  Boosting perceptual learning by fake feedback.
  Vision Research, 49(21), pp.2574-2585.
• Oba, S. and Ishii,S. (2009)  
  Differential gene detection incorporating common expression patterns.
  Journal of Physics: Conference Series, 197 012007.
• Kanemura, A., Maeda, S., and Ishii, S. (2009)
  Superresolution with compound Markov random fields via the variational EM algorithm.
  Neural Networks, 22(7), pp. 1025-1034.
  2010年度日本神経回路学会論文賞受賞
• Maeda, S. and Ishii, S. (2009)
  Learning a multidimensional companding function for lossy source coding.
  Neural Networks, 22(7), pp. 998-1010.
• 兼村 厚範，前田 新一，石井信．(2009)
  複層マルコフ確率場を事前分布とする超解像法におけるハイパーパラメータ推定．
  電子情報通信学会論文誌(D)，J92-D(10), pp. 1802-1811．
• Takenouchi, T., and Ishii, S. (2009)
  A multi-class classification method based on decoding of binary classifiers.
  Neural Computation, 21(7), pp.2049-2081.
• Suzuki, I., Takenouchi, T., Ohira, M., Oba, S., and Ishii, S. (2009)
  Robust model selection for classification of microarrays.
  Cancer Informatics, 7, pp. 141-157.
• Oba, S., and Ishii, S. (2009)
  Optimal sufficient statistics for parametric and non-parametric multiple simultaneous hypothesis testing.
  International Journal of Biostatistics, 5(1), 20.
• Yukinawa, N., Yoshioka, T., Kobayashi, K., Ogasawara, N., and Ishii, S. (2009)
  A constrained Gaussian mixture model forcorrelation-based cluster analysis of gene expression data.
  IPSJ Transactions on Bioinformatics, 2, pp. 47-62.
• Yu, M., Ohira, M., Li, M., Niizuma, H., Oo, M., Zhu, Y., Ozaki, Y., Isogai, E., Nakamura, Y., Koda, T., Oba, S., Yu, B. and Nakagawara, A. (2009)
  High expression of ncRAN, a novel non-coding RNA mapped to chromosome 17q25.1, is associated with poor prognosis in neuroblastoma.
  International Journal of Oncology, 34, pp. 931-938.
• Shirahata, M., Oba, S., Iwao-Koizumi, K., Saito, S., Ueno, N., Oda, M., Hashimoto, M., Ishii, S, Takahashi, J. A. and Kato, K. (2009)
  Using gene expression profiling to identify a prognostic molecular spectrum in gliomas.
  Cancer Science, 100(1), pp. 165-172.
• Yukinawa, N., Oba, S., Kato, K., and Ishii, S.  (2009)
  Optimal aggregation of binary classifiers for multi-class cancer diagnosis using gene expression profiles.
  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 6(2), pp. 333-343.

国際会議

• Fukuda, W., Kanemura, A., Maeda, S., and Ishii, S. (2009)
  Superresolution from occluded scenes.
  International Conference on Neural Information Processing (ICONIP), Lecture Notes in Computer Science, 5864, pp. 19-27.
• Tomizawa, H., Maeda, S., and Ishii, S. (2009)
  Learning of Go board state evaluation function by artificial neural network.
  International Conference on Neural Information Processing (ICONIP), Lecture Notes in Computer Science, 5863, pp. 598-605.
• Mori, T. and Ishii, S. (2009)
  Robust approximation in decomposed reinforcement learning.
  International Conference on Neural Information Processing (ICONIP), Lecture Notes in Computer Science, 5863, pp. 590-597.
• Kanemura, A., Maeda, S., and Ishii, S. (2009)
  Learning color image expansion filters.
  IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), pp. 357-360.
• Oba, S. and Ishii, S. (2009)
  Differential gene detection incorporating common expression patterns.
  International Workshop on Statistical-Mechanical Informatics (IW-SMI).
• Ueno T, Maeda, S., Kawanabe, M., and Ishii, S.(2009)
  Optimal online learning procedures for model-free policy evaluation.
  European Conference on Machine Learning and Knowledge Discovery in Databases (ECML-PKDD), Lecture Notes in Artificial Intelligence, 5782, pp. 473-488.
• Mori, T. and Ishii, S.(2009)
  An additive reinforcement learning.
  International Conference on Artificial Neural Networks (ICANN), Lecture Notes in Computer Science, 5768, pp. 608-617.
• Hayashi, K., Hirayama, J., and Ishii, S. (2009)
  Dynamic exponential family matrix factorization.
  The 13th Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (PAKDD), Lecture Notes in Computer Science, 5476, pp.452-462.

国内学会・研究会

• 兼村厚範, 前田新一, 石井信. (2009)
  ディリクレ過程混合ガウス分布による画像拡大フィルタの学習.
  電子情報通信学会2009年総合大会, ADS-1-3.
• 内海将人, 作村諭一, 福西昭子, 山本亘彦, 石井信. (2009)
  統計的手法を用いた神経軸索の形態予測.
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 108(480), pp. 31-36, NC2008-108.
• 青木佑紀, 前田新一, 石井信. (2009)
  平均場近似を用いたHelmholtz Machineの学習.
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 108(480), pp. 57-62, NC2008-113.
• 植野剛, 川鍋一晃, 森健, 前田新一, 石井信. (2009)
  セミパラメトリック統計学に基づく価値関数推定.
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 108(480), pp. 255-260, NC2008-146.
• 朝比奈亜貴代, 平山淳一郎, 石井信. (2009)
  不確実な報酬予測におけるドーパミン活動の計算論的モデル.
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 108(480), pp. 267-271, NC2008-148.
• 日栄悠, 森健, 石井信. (2009)
  適応的モデル複雑度に基づくモジュール強化学習.
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 108(480), pp. 273-278, NC2008-149.
• 福田航, 兼村厚範, 前田新一, 石井信. (2009)
  遮蔽物を含む画像からの超解像.
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 108(480), pp. 307-312, NC2008-155.
• 寺村佳子, 前田新一, 石井信. (2009)
  同時発音の相関を考慮した確率モデルによる音楽の和声推定.
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 108(480), pp. 411-416, NC2008-173.
• 兼村厚範, 前田新一, 石井信. (2009)
  カラー画像拡大フィルタの疎ベイズ学習.
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 108(480), pp. 417-422, NC2008-174.
• 林浩平, 平山淳一郎, 石井信. (2009)
  指数族行列因子化の状態空間モデルへの拡張と時系列関係データ解析への応用.
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 108(480), pp. 423-428, NC2008-175.
• 伊坂弥花子, 山尾将隆, 作村諭一, 金雄, 松井貴輝, 別所康全, 石井信. (2009)
  脊椎動物の発達過程における分節時計の分子システム.
  電子情報通信学会技術研究報告NLP, 108(477), pp. 71-76, NLP2008-163.
• 古谷允宏, 大羽成征, 石井信. (2009)
  ARD事前分布を用いた確率的マージン最大化行列因子化法の提案と欠測予測.
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 108(383), pp. 19-24, NC2008-85.
• 富澤弘貴, 前田新一, 石井信. (2010)
  オンライン適応自然勾配法による囲碁の盤面評価の学習
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 109(461), pp. 449-454, NC2009-164.
• 福田航, 前田新一, 兼村厚範, 石井信. (2010)
  混合事前分布を用いたベイズX線CT
  電子情報通信学会技術研究報告NC, 109(461), pp. 267-272, NC2009-133.
• 寺村佳子, 前田新一. (2010)
  統計的学習によるテンポの変動を考慮したピアノ演奏模写
  情報処理学会 音楽情報科学研究会(SIG-MUS-84) Vol.2010, No.12.
• 安富正博, 鹿内友美, 石井信. (2010)
  部分観測環境におけるヒトの推論過程のHMMによるモデル化.
  脳と心のメカニズム第10回冬のワークショプ, ポスターセッション
• 寺村佳子, 前田新一. (2009)
  統計的学習による演奏表情付け.
  人工知能学会 第11回データマイニングと統計数理研究会 (SIG-DMSM), pp. 19-24.
• 森健, 石井信. (2009)
  誤差の近似に基づく強化学習法.
  日本神経回路学会 第19回全国大会 (JNNS2009), pp. 32-33.
• 前田新一, 青木佑紀, 石井信. (2009)
  Detailed Balance Learningによるマルコフ連鎖の学習.
  日本神経回路学会 第19回全国大会 (JNNS2009), pp. 40-41.
• 堀田真路, 大羽成征, 石井信. (2009)
  特徴ベース復帰抑制に基づく視覚的注意モデル.
  日本神経回路学会 第19回全国大会 (JNNS2009), pp. 94-95.
• 福田航, 兼村厚範, 前田新一, 石井信. (2009)
  ベイズ超解像における複数パッチを用いたレジストレーション.
  日本神経回路学会 第19回全国大会 (JNNS2009), pp. 150-151.
• 富澤弘貴, 前田新一, 石井信. (2009)
  ニューラルネットワークによる囲碁の盤面評価の学習.
  日本神経回路学会 第19回全国大会 (JNNS2009), pp. 168-169.

2008年

学術論文誌

• Osaga, S., Hirayama, J., Takenouchi, T., and Ishii, S. (2008)
  A probabilistic modeling of MOSAIC learning. 
  Artificial Life and Robotics, 12(1-2) , 167-171 
• Makino, K., Nakamura, Y., Shibata, T., Ishii, S. (2008)
  Adaptive Control of a Looper-like Robot based on the CPG-Actor-Critic Method. 
  Artificial Life and Robotics, 12(1-2) ,pp.129-132.
• Tomioka, N., Oba, S., Ohira, M., Misra, A., Fridlyland, J., Ishii, S., Nakamura, Y., Isogai, E., Hirata, T., Yoshida, Y., Todo, S., Kaneko, Y., Albertson, D. G., Pinkel, D., Feurstein, B. G., and Nakagawara, A. (2008) 
  Novel Risk Stratification of Patients with Neuroblastoma by Genomic Signature which is Independent of Molecular Signature.
  Oncogene, 27(4), pp.441-449.
• Yukinawa, N., Takenouchi, T., Oba, S. and Ishii, S. (2008)
  Combining multiple decisions: applications to bioinformatics.
  Journal of Physics: Conference Series, 95, pp.12-18.
• Honda, N., Sakumura, Y., and Ishii, S. (2008)
  Stochastic control of spontaneous signal generation for gradient sensing in chemotaxis.
  Journal of Theoretical Biology, 255, 259-266.
• Hirayama, J., Nakatomi, M., Takenouchi, T., and Ishii, S. (2008)
  Collaborative prediction by multiple Bayesian networks and its application to printer usage modeling.
  Behaviormetrika, 35(2), pp. 99-114.
• Tamei, T., Ishii, S., and Shibata, T. (2008)
  Virtual force/tactile sensors for interactive machines using user's biological signals.
  Advanced Robotics, 22(8), pp. 893-911.
• Hirayama, J., Nakatomi, M., Takenouchi, T., and Ishii, S. (2008)
  α-Bayesian collaboration of multiple predictors and its applications to hybrid recommendation and user modeling. 
  Neural Information Processing - Letters and Reviews, 12(1-3), pp. 11-20.
• Shikauchi, M., Ishii, S., and Shibata, T. (2008)
  Prediction of aperiodic target sequences by saccades.
  Behavioural Brain Research, 189(2), pp.325-31.

解説

• 兼村厚範，福田航，前田新一，石井信．(2008)
  ベイズ超解像と階層モデリング．
  日本神経回路学会誌，15(3)，181-192．

国際会議

• Maeda, C., Oba, S., Yukinawa, N., and Ishii, S.(2008)
  Detection of multiple overlapping string-shaped objects using special clustering.
  International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 13th '08), GS18-5.
• Taniguchi, Y., Mori, T., and Ishii, S. (2008)
  Continuous Internal-State Controller for a Partially Observable Linear Dynamical System.
  International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 13th '08), GS1-1.
• Sodebayashi, K., Oba, S., and Ishii, S. (2008)
  Two-Way Factor Analysis for Missing Value Estimation of Matrix Data.
  International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 13th '08), GS5-6.
• Ishihara, A., Hirayama, J., Takenouchi, T., and Ishii, S. (2008)
  A Unified Approach to Collaborative and Feature-based Recommendation based on Probabilistic Latant Semantic Models.
  International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 13th '08), GS17-2.
• Nomura, H., Oba, S., and Ishii, S. (2008)
  Re-weighted ODP for differential gene expression analysis.
  International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 13th '08), GS5-2.
• Furuya, M., Oba, S., and Ishii, S. (2008)
  Collaborative filtering based on a Weighted Maximum Margin Matrix Factorization.
  International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 13th '08), GS14-5.
• Nanjoh, N., Mori, T., and Ishii, S. (2008)
  An effective reinforcement learning with automatic construction of basis function and sequential approximation.
  International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 13th '08), GS2-3.
• Kazuhiro, T., Mori, T., and Ishii, S. (2008)
  Active Sampling based on Gaussian Process for Reinforcement Learning.
  International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 13th '08), GS1-2.
• Yano, N., Shibata, T., and Ishii, S. (2008)
  Adaptive Particle Allocation for Multifocal Visual Attention based on Particle Filtering.
  International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 13th '08), GS16-4.
• Asahina, A., Hirayama, J., and Ishii, S. (2008)
  Interpreting dopamine activities in stochastic reward tasks.*
  The 15th International Conference on Neural Information Processing (ICONIP), Auckland, New Zealand.
  * Received Best APNNA Student Paper Award.
• Hirayama, J. and Ishii, S. (2008)
  A closed-form estimator of fully visible Boltzmann machines.
  The 15th International Conference on Neural Information Processing (ICONIP), Auckland, New Zealand.
• Takenouchi, T. and Ishii, S. (2008)
  Ternary Bradley-Terry model-based decoding for multi-class classification.
  IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing (MLSP).
• Hiei, Y., Mori, T., and Ishii, S. (2008) 
  Self-organized reinforcement learning based on policy gradient in nonstationary environment. 
  International Conference on Artificial Neural Networks (ICANN).
• Taniguchi, Y., Mori, T., and Ishii, S. (2008) 
  A continuous internal-state controller for partially observable Markov decision processes. 
  International Conference on Artificial Neural Networks (ICANN).
• Ueno, T., Kawanabe, M., Mori, T., Maeda, S., and Ishii, S. (2008)
  A semiparametric statistical approach to model-free policy evaluation.
  The 25th International Conference on Machine Learning (ICML 2008), pp. 1072-1079, Helsinki, Finland.

国内会議

• 谷口 雄基, 森 健, 石井 信. (2008)
  内部状態を用いた強化学習によるマルチエージェント系における協調行動の獲得.
  電子情報通信学会技術研究報告, vol. 107, no. 92, NC2007-15, pp. 41-45.
• 森 健, 前田 新一, 石井 信. (2008)
  エピソードタスクにおける方策オフ型 LSTD(λ) 法とその収束性.
  電子情報通信学会技術研究報告, vol. 107, no. 92, NC2007-14, pp. 35-40.
• 福田航，前田新一，兼村厚範，石井信 (2008)
  遷移する遮蔽下でのベイズ超解像.
  電子情報通信学会技術研究報告, NC2007-152, pp. 237-242.
• 大山賀己，竹之内高志，石井信 (2008)
  ECOC復号法に基づく階層的多値判別法.
  電子情報通信学会技術研究報告, NC2007-169, pp. 337-342.
• 野村啓仁，大羽成征，石井信 (2008)
  多重検定におけるODP統計量の有効な推定.
  電子情報通信学会技術研究報告, NC2007-174, pp. 367-372.
• 石原愛美，平山淳一郎，竹之内高志，石井信 (2008)
  アスペクトモデルに基づいた特徴ベース協調フィルタリング.
  人工知能学会研究会資料，SIG-FPAI-A703，pp. 59-63.
• 竹田 和博， 森 健，石井 信 (2008)
  ガウス過程を用いた能動サンプリングに基づく強化学習法.
  電子情報通信学会技術研究報告, vol. 107, no. 542, NC2007-192, pp. 473-478.
• 前田くれあ，大羽成征，行縄直人，石井信 (2008)
  実画像からの重なり合ったひも状オブジェクトの認識.
  電子情報通信学会技術研究報告, vol. 107, no. 413, NC2007-106, pp. 115-120.
• 佐藤友美, 大塩立華, 吉田和子, 石井信 (2008)
  他者の内部状態推定と行動予測を用いた意思決定モデル.
  電子情報通信学会技術研究報告, vol. 107, no. 413, NC2007-106, pp. 73-78.
• 山下哲矢, 前田新一, 竹之内高志, 石井信 (2008)
  1分子蛍光イメージングに対する尤度比検定を用いたアプローチ.
  電子情報通信学会技術研究報告, vol. 107, no. 413, NC2007-106, pp. 7-12.
• 兼村厚範, 前田新一, 石井信. (2008)
  スパースベイズ学習による画像拡大フィルタの獲得.
  第23回信号処理シンポジウム, pp. 457-460.
• 林 浩平，平山 淳一郎，石井 信．(2008)
  Dynamic Exponential Family Matrix Factorization．
  第11回情報論的学習理論ワークショップ．
• 古谷 允宏，大羽 成征，石井 信．(2008)
  最大マージン行列因子化法の確率モデル化と行列データの欠測予測．
  第11回情報論的学習理論ワークショップ．
• 平山 淳一郎, 石井 信. (2008)
  A closed-form estimator of fully visible Boltzmann machines．
  第11回情報論的学習理論ワークショップ．
• 植野 剛，川鍋 一晃，森 健，前田 新一，石井 信. (2008)
  セミパラメトリック統計学に基づく価値関数推定.
  第11回情報論的学習理論ワークショップ．
• 大羽 成征，石井 信 (2008)
  典型パターン因子を統計量として用いた経験ベイズ検定による差異発現遺伝子検出法．
  第11回情報論的学習理論ワークショップ.
• 大佐賀 智，平山 淳一郎，竹之内 高志，石井 信．(2008)
  ダイナミクスのベイズ推定に基づくマルチモジュール型適応制御モデル．
  日本神経回路学会第18回全国大会，pp. 68-69，P1-22．
• 谷口 雄基，森 健，石井 信．(2008)
  部分観測環境における線形力学システムの強化学習を用いた自動制御．
  日本神経回路学会第18回全国大会，pp. 56-57，P1-16．
• 朝比奈 亜貴代，平山 淳一郎，石井 信．(2008)
  確率的報酬課題におけるドーパミン細胞の活動度解釈．
  日本神経回路学会第18回全国大会，pp. 180-181，PS3-1．
• 兼村 厚範，前田 新一，石井 信．(2008)
  疎ベイズ解像度合成．
  日本神経回路学会第18回全国大会，pp. 152-153，P2-26．
• Kanemura, A., Maeda, S., and Ishii, S. (2008)
  Subspace selection for resolution synthesis.
  Subspace2008 in conjunction with MIRU2008, pp. 15-19, Karuizawa, Japan.
• 日栄 悠，森 健，石井 信 (2008)
  非定常環境における自己組織化強化学習.
  電子情報通信学会技術研究報告, 108(101), NC2008-30, pp. 97-101.
• 大羽 成征, 石井 信. (2008)
  検定多重性とサンプル個性を利用した臨床ラベル関連遺伝子探索.
  情報処理学会バイオ情報学研究会研究報告, 2008-BIO-13 (9), pp.37-42, 電子情報通信学会ニューロコンピューティング研究会, 108(101), NC2008-13, pp. 13-18.

2007年

学術論文誌

• Hirayama, J., Maeda, S., and Ishii, S. (2007)
  Markov and Semi-Markov Switching of Source Appearances for Non-Stationary Independent Component Analysis. 
  IEEE Transactions on Neural Networks, 18(5), pp.1326-1342.
• Fujita, H., and Ishii, S. (2007)
  Model-based reinforcement learning for partially observable games with sampling-based state estimation.
  Neural Computation, 19(11), pp.3051-3087.
• Nakamura, Y., Mori, T., Sato, M., and Ishii, S. (2007)
  Reinforcement Learning for a Biped Robot Based on a CPG-Actor-Critic Method. 
  Neural Networks, 20(6), pp.723-735.
• Tanabe, A., Fukumizu, K., Oba, S., Takenouchi, T., and Ishii, S. (2007)
  Parameter Estimation for von Mises-Fisher Distributions.
  Computational Statistics, 22(1), pp. 145-157.

著書

• Shibata, T., Hitomi, K., Nakamura, Y., and Ishii, S. (2007)
  Reinforcement Learning of Stable Trajectory for Quasi-Passive Dynamic Walking of an Unstable Biped Robot.
  In Mackel, M. Eds., Humanoid Robots: Human-like Machines, pp. 211-226, I-Tech Education and Publishing.

国際会議

• Ihara, M., Maeda, S. and Ishii, S. (2007)
  Instrument Identification in Monophonic Music Using Spectral Information.
  IEEE International Symposium on Signal Processing and Information Technology (ISSPIT), pp.607-611.
• Kanemura, A., Maeda, S. and Ishii, S. (2007)
  Image Superresolution under Spatially Structured Noise.
  IEEE International Symposium on Signal Processing and Information Technology (ISSPIT), pp.279-284.
• Takenouchi, T., Ishii, S. (2007)
  A multi-class classification with a probabilistic localized decoder.
  IEEE International Symposium on Signal Processing and Information Technology (ISSPIT), pp.861-865.
• Oba, S., Kawanabe, M., Mueller, K-R., and Ishii, S. (2007)
  Heterogeneous Component Analysis.
  Advances in Neural Information Processing Systems (NIPS 20),  Platt, J. C. et al. eds., MIT Press, Cambridge, MA, pp. 1097--1104.
• Hirayama, J., Nakatomi, M., Takenouchi, T., and Ishii, S. (2007) 
  Bayesian collaborative predictors for general user modeling tasks.
  International Conference on Neural Information Processing (ICONIP), LNCS 4984, pp.742–751.
• Maeda, S. and Ishii, S. (2007)
  Optimization of parametric companding function for an efficient coding.
  International Conference on Neural Information Processing (ICONIP), LNCS 4984, pp.713-722.
• T.Shibata, T.Bando and S.Ishii (2007)
  Visual tracking achieved by adaptive sampling from hierarchical and parallel predictions.
  International Conference on Neural Information Processing (ICONIP), LNCS 4984, pp.604-613.
• Y.Tsukada, Y.Sakumura and S.Ishii (2007) 
  Quantitative morphodynamic analysis of time-lapse imaging by edge evolution tracking.
  International Conference on Neural Information Processing (ICONIP), LNCS 4985 pp.817-826.
• Ishii, S., Yukinawa, N., Takenouchi, T., and Oba, S. (2007)
  Combining multiple decisions: applications to bioinformatics.
  The International Workshop on Statistical-Mechanical Informatics, pp. 151-161.
• Kanemura, A., Maeda, S., and Ishii, S. (2007) 
  Edge-Preserving Bayesian Image Superresolution Based on Compound Markov Random Fields. 
  International Conference on Artificial Neural Networks (ICANN), LNCS 4669, pp. 611-620.
• Taniguchi, Y., Mori, T., and Ishii, S. (2007) 
  Reinforcement Learning for Cooperative Actions in a Partially Observable Multi-Agent System. 
  International Conference on Artificial Neural Networks (ICANN), LNCS 4668, pp. 229-238.
• Maeda, S. and Ishii, S. (2007) 
  Convergence analysis of the EM algorithm and Joint minimization of free energy. 
  IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing (MLSP), pp.318-323.
• Kanemura, A., Maeda, S., and Ishii, S. (2007) 
  Hyperparameter Estimation in Bayesian Image Superresolution with a Compound Markov Random Field Prior. 
  IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing (MLSP), pp.181-186.
• Tamei, T., Ishii, S. and Shibata, T. (2007)
  Dynamic and Cooperative Interaction with a Robot that Possesses No Force/Tactile Sensors.
  International Conference on Advanced Robotics (ICAR 2007), pp.647-652.
• Takenouchi, T. and Ishii, S. (2007) 
  A Probabilistic Decoding Approach to Multi-Class Classification. 
  International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN 2007) , p.1696.
• Ihara, M., Maeda, S., and Ishii, S. (2007) 
  Estimation of the Source-Filter Model Using Temporal Dynamics. 
  International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN 2007) , p.1803.
• Takenouchi, T. and Ishii, S. (2007) 
  Multiclass Classification as a Decoding Problem. 
  The First IEEE Symposium on Foundations of Computational Intelligence (FOCI'07), pp. 470-475.
• Osaga, S., Hirayama, J., Takenouchi, T., and Ishii, S. (2007) 
  A Probabilistic Model of MOSAIC. 
  The First IEEE Symposium on Foundations of Computational Intelligence (FOCI'07), pp. 41-46

国内会議

• 橋崎知，柴田智広，石井信 (2007)
  確率的外乱下における準受動歩行の強化学習. 
  第 8 回 計測自動制御学会 (SICE) システムインテグレーション部門講演会予稿集, 1G2-1(CD-ROM)
• 井原瑞希，前田新一，石井信 (2007)
  単旋律楽曲における機械学習を用いた楽器音の音源同定.
  Proceedings of the 26th Meeting of Special Interest Group on AI Challenges （第26回 AIチャレンジ研究会）, SIG-Challenge-A702, pp.52-58.
• 袖林和宏，大羽成征，石井信 (2007)
  二方向因子分析による行列データの欠損予測.
  情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2007)予稿集, pp.91-96
• 大羽成征，石井信 (2007)
  隠れ変数モデルに基づく同時検定用統計量最適化.
  情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2007)予稿集, pp.35-42
• 大羽成征，石井信. (2007)
  多重検定のための検定統計量最適化：隠れ変数を仲立ちとした情報共有に基く新しいアプローチについて.
  統計関連学会連合大会講演報告集, p.258.
• 袖林和広，大羽成征，石井信. (2007)
  二方向因子分析による欠測データ予測.
  統計関連学会連合大会講演報告集, p.251.
• 竹之内高志，石井信. (2007)
  ECOCに基づく多値判別法の局所化.
  統計関連学会連合大会予稿集, p.158.
• 鹿内 学，石井 信，柴田智広．(2007)
  Human vision can predict semi-random but linear process．
  Neuro2007.
• 大羽 成征, 冨岡 伸元, 大平 美紀, 石井 信. (2007) 
  アレイ比較ゲノムデータ正規化手法Combfitについて. 
  情報処理学会研究報告2007-BIO-9バイオ情報学研究会, pp. 9-16.